Microarray en Diabetes tipo 1

Otra prueba molecular  para identificar los genes y los mecanismos moleculares que controlan la función de las células T diabeto génicas, consiste en el  análisis de microarrays de ADN en células T CD4 + específicas de islotes de ratones BDC2.5 TCR , ratones transgénicos que contienen la Idd 9.

Se utilizaron tres réplicas biológicas independientes para cada condición para el análisis de microarrays de ADN.

Describimos aquí conjuntos de datos únicos de células T CD4 + específicas de islotes estimuladas ex vivo y antígeno (p79) que contienen el Idd9 de ratones NOD susceptibles a T1D o ratones C57BL / 10 resistentes a T1D .

Estos conjuntos de datos obtenidos muestran la expresión génica amplia del genoma determinada utilizando Illumina MouseWG-6 v2.0 expresión plataforma beadchip. Identificándose  55 genes y 80 genes que se expresaron diferencialmente en células T CD4 + estimuladas ex vivo y p79, respectivamente. Los análisis de bioinformática revelaron que las células T CD4 + específicas de los islotes que contienen Idd9 resistente a T1D se enriquecieron más significativamente para los genes asociados con el crecimiento celular y el desarrollo / diferenciación. 

De estos genes, Eno1 , Rbbp4 y Mtor están codificados por Idd9 , lo que sugiere que contribuyen a Idd9dependiente de DT1 regulando la función diabetogénica de las células T CD4 + específicas de los islotes. Los conjuntos de datos proporcionados, junto con nuestra validación anterior de expresión génica por RT-qPCR y análisis funcionales de BDC y BDC- Idd9 .905 células T CD4 +, demuestran la validez de usar análisis de expresión génica global para descubrir los genes y mecanismos candidatos de T1D.

Bibliografía: 

Berry, GJ, Frielle, C., Brucklacher, RM, Salzberg, AC y Waldner, H. (2015).Identificación de genes candidatos a diabetes tipo 1 mediante análisis de microarrays de ADN de células T CD4 + específicas de islotes. Genomics Data, 5 , 184-188. Disponible en : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4583664/